A Madagascar, le Cirad conduit  des recherches pour valoriser l’exceptionnelle biodiversité malgache, gérer les services environnementaux et promouvoir une approche agroécologique pour une agriculture durable, notamment pour exploitations familiales des Hautes Terres. Ces activités sont menées en partenariat avec les principales institutions de recherche, les universités et les acteurs du développement. Le Cirad contribue également à différents observatoires au service du développement et des politiques publiques (foncier, filières, agricultures du monde, etc.) et collabore aux réseaux régionaux pour la qualité des produits, la sécurité et la sûreté sanitaire, les maladies animales émergentes et le développement territorial dans l’océan Indien.

En 2012, 24 chercheurs, représentants 12 unités de recherche des 3 départements du Cirad, conduisaient des recherches en expatriation à Madagascar. Chercheurs confirmés, post doctorants ou allocataires de recherche, ils bénéficient de plus de 100 mission d'appui et de support par an en provenance de métropole et de de la Réunion.

Au travers la direction régionale du Cirad pour Madagascar et l'océan Indien et de ses deux dispositifs prioritaires, le Cirad mutualise avec ses partenaires des compétences en gestion administrative et financière, en communication (site Web) et en systèmes d'information (gestion de bases de données).