Fortement implanté à Madagascar et dans l'océan Indien depuis sa création, le Cirad a su construire sur la durée des partenariats de confiance avec l'essentiel des acteurs de la recherche et du développement, que ce soit avec les institutions nationales (Institut de recherche, Universités, Ministères, etc.), locales (administrations, organisations paysannes, ONG et opérateurs du développement, ...) et internationales (FAO, UE, COI, etc.).