Les agents du Cirad dans la région relèvent essentiellement de deux grandes catégories disciplinaires. La plus largement représentée est la Biologie appliquée-écologie (agronomie, écologie, sciences de l'environnement et vétérinaires), suivie des Sciences humaines et sociales (économie, sociologie, droit, sciences politiques).

A Madagascar, les agents du Cirad travaillent sur des objets de recherche très variés qui peuvent être biologiques, techniques ou politiques, ciblés sur des agro-écosystèmes particuliers (systèmes de production d’altitude),  ou répandus (forêts naturelles), porter sur des techniques de production (SCV, qualité des produits) ou sur des biens publics (services environnementaux, santé publique vétérinaire, acridologie).

Les agents du Cirad dans la région se répartissent équitablement entre les filières végétales (riziculture, fruits, épices,…), les filières animales (production et santé) et les ressources naturelles (produits ligneux comme le charbon de bois,  produits non ligneux, etc.)